Posibles instalaciones conflictivas de python

No estoy seguro de si la instalación por defecto de Python es en la que he estado instalando módulos, y si eso puede ser la causa de un error de compatibilidad de tamaño de byte Unicode en conflicto. En resumen, instalé Numpy 1.7 con Python 2.7.3 y cuando bash instalar este otro progtwig que usa Python y Numpy como dependencias, recibo este error:

Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 20, in  from weblogolib import __version__ File "/home/chris/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 108, in  from numpy import array, asarray, float64, ones, zeros, int32,all,any, shape File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in  import add_newdocs File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in  from numpy.lib import add_newdoc File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in  from type_check import * File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in  import numpy.core.numeric as _nx File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in  import multiarray ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString 

Así que supongo que tengo un tamaño de byte de Unicode conflictivo (2 bytes frente a 4 bytes). Fui a ver si tenía versiones en conflicto de Python que podrían estar arruinando esto.

 python --version Python 2.7.3 

Pero esto parece en desacuerdo con

 which python /usr/local/bin/python 

Cuando voy a /usr/local/bin , encuentro estos archivos (relevantes para python):

 python python2 python2.7 python-config python2-config python2.7-config 

Ahora instalé numpy en el directorio dist-packages de /usr/lib/python2.7/dist-packages que corresponde a lo que obtengo para python --version . Pero el hecho de que cuando pruebo which python y obtengo un directorio para python y no python2.7 me preocupa que esto podría ser conflictivo cuando bash instalar el progtwig que usa python and numpy como dependencias.

Así que supongo que para aclarar mi (s) pregunta (s): ¿Se pueden encontrar estos archivos normales para una instalación de Python o de alguna manera he instalado tres versiones diferentes? ¿Podrían estar causando mi error con el símbolo no reconocido? ¿Hay alguna manera de desinstalar si son versiones extrañas?

¡Gracias por cualquier ayuda que usted nos pueda proporcionar!

Ah, y aquí hay un enlace a una pregunta anterior que tenía, donde edité PYTHONPATH mientras intentaba arreglar un ImportError que estaba recibiendo, si eso podría estar afectando las cosas … ImportError: No hay un módulo llamado numpy

Aquí están los resultados de intentar virtualenv:

 chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ virtualenv weblogo-3.3 New python executable in weblogo-3.3/bin/python Installing setuptools.............done. Installing pip...............done. chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ cd weblogo-3.3 chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ source bin/activate (weblogo-3.3)chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ pip install numpy Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages Cleaning up... 

El problema parece ser una falta de coincidencia entre los ajustes de comstackción de Python y Numpy.

/ usr / local / bin es donde se instala Python personalizado, debe intentar ejecutar usando / usr / bin / python.

Otra solución es utilizar un virtualenv. Prueba esto:

 virtualenv myproject cd myproject source bin/activate pip install numpy 

Básicamente, virtualenv configura una instalación de Python diferente con sus propios paquetes en el directorio “myproject”. Ejecutar el comando “activar” le dice al sistema que desea usar esta instalación en lugar del sistema predeterminado. Esto te permite tener un entorno Python diferente para diferentes proyectos. Al usar virtualenv, cada proyecto puede tener sus propias versiones de paquetes de Python, incluso si son incompatibles con otros proyectos o paquetes de sistema.

Tenga en cuenta que tendrá que repetir el comando “fuente” cada vez que abra un nuevo shell y desee utilizar ese entorno virtual. También es posible que tenga que instalar el comando virtualenv utilizando el administrador de paquetes de su sistema operativo. Si esto no es posible (por ejemplo, no tiene acceso de root) o su versión de sistema operativo es demasiado antigua por alguna razón, también puede descargarla manualmente desde https://pypi.python.org/packages/source/v/ virtualenv /

Si haces ls -l / usr / local / bin / python * deberías ver que python y python2 son en realidad enlaces simbólicos a python2.7, y también python-config y python2-config son enlaces simbólicos a python2.7-config.

¿En qué sistema operativo estás? Esta es más una pregunta para un superusuario, pero intente algo como esto. Ditch easy_install y usa pip si aún no lo has hecho.

En Ubuntu:

 sudo apt-get install python-setuptools sudo easy_install pip pip install --user numpy