instale rpy2 en Windows7 64bit para Python 2.7

Estoy tratando de construir e instalar rpy2 Python Module. Pero tiene un error (ver más abajo).

Tengo R instalado en C:\Program Files\R\R-2.15.0\ y Rh está en C:\Program Files\R\R-2.15.0\include . ¿Cómo puedo indicarle a setup.py que encuentre el encabezado R en ese directorio?

Tanto Python como R se instalaron usando un archivo binario oficial para Windows de 64 bits.

¿Puede alguien contribuir con una comstackción binaria rpy2 para windows 64bit y Python2.7 64bit? Christoph Gohlke dijo que por razones técnicas o legales, rpy2 no está incluido en sus binarios no oficiales de Windows para paquetes de extensión de Python . ¿Alguien más tiene un éxito exitoso?

¡Gracias!

Dado el siguiente proceso:

 $ python setup.py build running build running build_py running build_ext returned an empty string. (5 times) 

Con esta configuración para R como biblioteca:

 include_dirs: () libraries: () library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.0/bin/i386',) extra_link_args: () # OSX-specific (included in extra_link_args) framework_dirs: () frameworks: () 

construyendo la extensión ‘rpy2.rinterface._rinterface’, usando este comando:

 C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe /c /nologo /Ox /MD /W3 /GS- /DNDEBUG -DWin32=1 -DCSTACK_DEFNS=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC /Tc.\rpy\rinterface\_rinterface.c /Fobuild\temp.win-amd64-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.obj _rinterface.c 

da este error:

 .\rpy\rinterface\_rinterface.c(61) : fatal error C1083: Cannot open include file: 'R.h': No such file or directory error: command '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe"' failed with exit status 2 

Aquí hay un enlace a los binarios de rpy2 para Windows, todas las versiones de Python y x86 / x64:

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2

Mi experiencia (2.7.9 (por defecto, 10 de diciembre de 2014, 12:28:03) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)]: – todos los instaladores binarios – aparentemente rpy2 tiene dependencias no especificadas – han instalado números y scipy (win_amd64 binarios) con sus dependencias no especificadas

  1. instalar R, instalar los paquetes necesarios
  2. instalar pywin32
  3. “pip instalar singledispatch”
  4. “pip instala rpy2-2.5.6-cp27-none-win_amd64.whl”
  5. entorno de actualización, por ejemplo, os.environ [‘R_HOME’] = r’C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-3.1.3 ‘os.environ [‘ R_USER ‘] = r’C: \ Python27 \ Lib \ site-packages \ rpy2 ‘

Estoy trabajando a través del mismo yo mismo. Las bibliotecas, etc., ubicadas indican que está recogiendo la versión i386 de 32 bits. Agregar “C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.15.1 \ include” incluir directorio puede ayudar a forzar a solucionar el problema. Esto es lo más lejos que tengo:

 building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension error: Unable to find vcvarsall.bat 

Con el shell expreso de MSVC y R x64 y msys sh en ruta.

Este enlace al archivo binario funciona para mí, espero que otros lo encuentren útil: enlace al binario

Probé todo esto en mi Windows 10 y no conseguí nada. Cuando hice el pip , dijo que estaba instalado en la versión de Anaconda que he estado usando durante meses, pero cuando probé una import rpy , solo dio un error.

Iba a rendirme, pero luego dormí una noche y luego hice lo siguiente desde la línea de comandos:

  • Eliminé todas mis instancias antiguas de Python, incluyendo Anaconda
  • Reiniciado
  • Reinstalado Anaconda (2.4.1 con Python versión 2.7.11)
  • Se aseguró de que Python se ejecutara desde la línea de comandos desde cualquier directorio.
  • comencé mi shell de bash “mingw32” (el que viene con git )
  • Establecer mi variable de entorno personal R_HOME en C:\Program Files\R\R-3.2.3
  • Descargué rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl desde http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2 como se sugirió anteriormente.
  • Cambié el directorio de trabajo a mi directorio de Downloads usuario
  • Lo pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl con pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
  • Iniciado python y exitosamente importado y rn py2

Aquí hay una captura de pantalla de los pasos finales:

 mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads $ pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl Processing c:\users\mwise\downloads\rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): six in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5) Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): singledispatch in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5 ) Installing collected packages: rpy2 Successfully installed rpy2-2.7.5 mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads $ python Python 2.7.11 |Anaconda 2.4.1 (64-bit)| (default, Dec 7 2015, 14:10:42) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. Anaconda is brought to you by Continuum Analytics. Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org >>> import rpy2 >>> import rpy2.robjects as robjects >>> pi = robjects.r['pi'] >>> pi[0] 3.141592653589793 >>> 

Esperando que esto ayude a alguien en la línea …

Esto se debe a que su biblioteca de inclusión de R no está en su variable de entorno CPPFLAGS. Debe encontrar el archivo Rh en su “C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.15.0 \ include”. En Linux, puede agregar esto a su .bashrc

 export "$CPPFLAGS=-I/path-to-R/include $CPPFLAGS" 

Pero no estoy familiarizado con Python y R en Windows. Eso es todo lo que puedo ayudar.