Instalar un paquete / herramienta python por un usuario no root

(1) Tengo que instalar un paquete de Python (HTSeq) pero no tengo privilegios de root.

El paquete necesita Python 2.4 o la última versión. Tenemos Python 2.3 en nuestro clúster.

Así instalé Python 2.7 en mi directorio local usando

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython make make install 

(2) El paquete también requiere numpy: así que también lo instalé en mi directorio local usando:

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

y hecho

 >>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/") 

(3) Descargué el archivo tar de HTSeq (que quiero descargar) y ejecuté

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq 

está lanzando siguiente error:

 Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'. Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. Please install numpy and then try again to install HTSeq. 

Por favor, dame una pista sobre cómo superarlo

Gracias por adelantado

Setuptools es otro requisito que necesita para instalar ese paquete.

Una opción es usar virtualenv para crear un entorno de Python contenido. Esto se puede hacer en cualquier parte y es propiedad del usuario que lo crea.

Para instalar virtualenv sin derechos de administrador (de esta respuesta ):

Descarga tar.gz de la última versión de virtualenv. Desembala. Ni siquiera necesita instalarlo, simplemente ejecute virtualenv.py, por ejemplo:

 wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env env/bin/pip install HTSeq env/bin/pip install numpy 

Ahora ejecute su script utilizando el binario de python en el entorno virtual:

 env/bin/python myscript.py 

1) Debe instalar setuptools (es necesario ejecutar setup.py de su HTSeq).

Descargue las fonts tar.gz setuptools-0.6c11.tar.gz , descomprímalo y luego siga los pasos como instaló python2.7, pero en la carpeta donde desempaquetó las fonts setuptools:

 ./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython make make install 

2) Cuando instale setuptools, aparecerá un ejecutable de instalación fácil en python2.7/scripts/ folder. Puedes usarlo para instalar paquetes fácilmente:

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq 

automáticamente encontrará el paquete y lo descargará e instalará junto con todas las dependencias.