Intenté adivinar el INICIO de R, pero no el comando R en el PATH. OsX 10.6

Estoy intentando instalar rpy2 y me enfrento a un problema común. Desafortunadamente todas las soluciones que he encontrado son para win7

He instalado un Python 2.7 y R 2.15. entonces escribo en la terminal

easy_install rpy2 

o alternativamente

 pip install rpy2 

Mismo resultado:

 Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH 

¿Qué debería hacer?

Asegúrate de tener R instalada

 brew install r 

Entonces instala rpy

 pip install rpy2 

El código rpy2 está haciendo la comprobación incorrecta. R podría estar perfectamente bien, pero rpy2 está usando un cheque no confiable.

Para verificar R , el rpy2 utiliza subprocess.check_output . Sin embargo, eso fue introducido (AFAIK) en python 2.7.

Si está utilizando una versión de python inferior a 2.7, debe actualizar a al menos 2.7.

Si debe usar python 2.6, entonces debería mirar esta respuesta para ver cómo forzar subprocess.check_output en python 2.6 , finalmente le permitió instalar rpy2 . Esto es lo que tuve que hacer ya que no pude actualizar la versión de python.

Descargue el código rpy2 , edite su setup.py e inserte el código de esa respuesta.

Tuve el mismo problema (en una Mac) y ninguna de las soluciones que encontré en línea funcionó. Lo único que me funcionó fue:

Conda actualización de Python

pip instalar rpy2

  1. usa easy_install rpy2 y funciona bien.

http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/overview.html#download

Asegúrese de que tiene instaladas setuptools instalación.

Si no sabes cómo hacerlo, consulta este enlace.

Simplemente puedes ejecutar ez_setup.py y dejar que decida por ti.

  1. Agregue C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.12.1 \ bin \ i386 (la ruta a R.dll) a la variable de entorno PATH

  2. Agregue una variable de entorno R_HOME con C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.12.1

  3. Agregue una variable de entorno R_USER con su nombre de usuario de Windows

La instalación funcionó para mí cuando lo hice

 pip install rpy2 

pero no cuando lo hice

 sudo pip install rpy2 

Entonces, en caso de que estuvieras usando sudo y no lo mencionaras, esto podría ayudarte. También intenté realizar una instalación manual desde la fuente, que funcionó cuando solo usé ‘python setup.py install’ para el paso de instalación, ¡pero no con sudo!

Hice esto en CentOS 7 con Python 2.7 y R 3.2 (como usuario root). Sobre el comportamiento del sudo, vea esta pregunta .