Articles of arrays de

h5py devolviendo resultados inesperados en la indexación

Estoy intentando llenar un conjunto de datos h5py con una serie de matrices numpy que genero en secuencia para que mi memoria pueda manejarlo. La matriz h5py se inicializa para que la primera dimensión pueda tener cualquier magnitud, f.create_dataset(‘x-data’, (1, maxlen, 50), maxshape=(None, maxlen, 50)) Después de generar cada matriz numpy X, estoy usando f[‘x-data’][alen:alen […]

Acelerar para bucle con numpy

¿Cómo puede este siguiente for-loop obtener una aceleración con numpy? Supongo que aquí se puede usar un truco de indexación elegante, pero no tengo idea de cuál (¿se puede usar einsum aquí?). a=0 for i in range(len(b)): a+=numpy.mean(C[d,e,f+b[i]])*g[i] edición: C es una matriz numérica de forma comparable a (20, 1600, 500) . d,e,f son índices […]

La forma más sencilla de guardar una matriz en un archivo raster en Python

Con una matriz 2-d en forma de (100, 100), quiero guardarla en un archivo raster en formato .tiff . Puedo usar el paquete gdal para leer archivos tiff que ya existen. Pero aún no puedo encontrar una forma sencilla de transformar la matriz 2-d en un archivo tiff . Usando plt.imsave(“xx.tif”,array) o def array_to_raster(array): “””Array […]

NumPy ValueError: el valor de verdad de una matriz con más de un elemento es ambiguo. Use a.any () o a.all () leastsq

from sympy import * from scipy import * from scipy.integrate import quad import scipy.optimize as optimize import numpy as np import collections import math from scipy.optimize import leastsq file= DATA+’Union21.dat’ with open(file, “r”) as f: data0=[(float(v[1]),float(v[2]), float(v[3])) for v in [x.split() for x in f.readlines()][1:]] #print data0 z=np.array([float(t[0]) for t in data0]) mu=np.array([float(t[1]) for t […]

astropy.io se adapta al acceso eficiente de elementos de una mesa grande

Estoy tratando de extraer datos de una tabla binaria en un archivo FITS utilizando Python y astropy.io. La tabla contiene una matriz de eventos con más de 2 millones de eventos. Lo que quiero hacer es almacenar los valores de TIEMPO de ciertos eventos en una matriz, para que luego pueda hacer un análisis en […]

Numpy: promedio de más de una dimensión en una matriz 3D “dentada”

Supongamos que tengo un “dato” de matriz X-dimensional N * M *, donde N y M son fijos, pero X es variable para cada entrada de datos [n] [m]. (Edición: para aclarar, solo usé np.array () en la lista de python 3D que usé para leer los datos, por lo que la matriz numpy es […]

Verificación e indexación de valores no únicos / duplicados en una matriz numpy

Tengo una matriz traced_descIDs contiene ID de objeto y quiero identificar qué elementos no son únicos en esta matriz. Luego, para cada ID duplicada (cuidadosa) única, necesito identificar qué índices de traced_descIDs están asociados con ella. Como ejemplo, si tomamos los traced_descIDs aquí, quiero que ocurra el siguiente proceso: traced_descIDs = [1, 345, 23, 345, […]

Mejora del rendimiento en el algoritmo de comparación np.packbits (A == A , eje = 1)

Estoy buscando en la memoria optimizar np.packbits(A==A[:, None], axis=1) , donde A es una matriz densa de enteros de longitud n . A==A[:, None] está hambriento de memoria para n grande, ya que la matriz booleana resultante se almacena ineficientemente con cada valor booleano que cuesta 1 byte. Escribí la siguiente secuencia de comandos para […]

cambiar el tamaño de una matriz numpy 2D excluyendo NaN

Estoy tratando de redimensionar una matriz numpy 2D de un factor dado, obteniendo una matriz más pequeña en la salida. La matriz se lee desde un archivo de imagen y algunos de los valores deben ser NaN (No es un número, np.nan from numpy): es el resultado de mediciones de sensores remotos desde satélites y […]

Encontrar índices de valores comunes en dos matrices.

Estoy usando Python 2.7. Tengo dos matrices, A y B. Para encontrar los índices de los elementos en A que están presentes en B, puedo hacer A_inds = np.in1d(A,B) También quiero obtener los índices de los elementos en B que están presentes en A, es decir, los índices en B de los mismos elementos superpuestos […]