Articles of awk

Comparando el valor de una columna con todas las columnas en el entorno de linux

Así que tengo dos archivos, uno VCF que parece 88 Chr1 25 C – 3 2 1 1 88 Chr1 88 AT 7 2 1 1 88 Chr1 92 AC 16 4 1 1 y otro con genes que parecen GENEID Start END GENE_ID 11 155 GENE_ID 165 999 Quiero una secuencia de comandos que […]

¿Cómo grep por intervalo de tiempo de fecha?

Tengo un archivo de registro que se parece a: 2011-03-21 00:01 xxxx 2011-03-22 04:05 xxxx …. 2011-03-25 10:12 xxxx …. 2011-04-04 12:23 xxxx Quiero tener un script que requiera 2 argumentos como el rango de fechas, por ejemplo: grep-date-range.sh 2011-03-25 2011-04-02 Encontrará todos los registros en [2011-03-25, 2011-04-02]. Sé que para un caso específico puedo […]

Separe un solo archivo de texto en varios archivos según cierto patrón

Supongamos que tengo el siguiente archivo: (Song.txt) Song one bla bla bla bla bla bla bla bla bla Song two yaya ya yaa blaaa bla bla blaaaaa Song three bla bla bla Quiero separar este archivo en tres archivos para que sean como los siguientes: El primer nombre de archivo debe ser Song_1.txt Song One […]

procesar texto desde un archivo no plano (para extraer información como si * fuera * un archivo plano)

Tengo un conjunto de datos longitudinales generado por una simulación por computadora que puede representarse mediante las siguientes tablas (‘var’ son variables): time subject var1 var2 var3 t1 subjectA … t2 subjectB … y subject name subjectA nameA subjectB nameB Sin embargo, el archivo generado escribe un archivo de datos en un formato similar al […]

Bash script para seleccionar una sola función de Python de un archivo

Para un problema de alias de git , me gustaría poder seleccionar una sola función de Python de un archivo, por nombre. p.ej: … def notyet(): wait for it def ok_start(x): stuff stuff def dontgettrickednow(): keep going #stuff more stuff def ok_stop_now(): En términos algorítmicos, lo siguiente sería lo suficientemente cerca: Comience a filtrar cuando […]

¿Cómo ejecutar awk -F \ ” {print $ 2} ‘dentro de subprocess.Popen en Python?

Necesito ejecutar un comando de shell dentro de subprocess.Popen en Python. El comando es: $ virsh dumpxml server1 | grep ‘archivo fuente’ | awk -F \ ” {imprimir $ 2} ‘ La salida es: /vms/onion.qcow2 Estoy teniendo dos desafíos con el comando anterior: 1) El comando está dentro de un bucle, y donde ve ‘server1’, […]

Combina líneas con teclas coincidentes

Tengo un archivo de texto con la siguiente estructura ID,operator,a,b,c,d,true WCBP12236,J1,75.7,80.6,65.9,83.2,82.1 WCBP12236,J2,76.3,79.6,61.7,81.9,82.1 WCBP12236,S1,77.2,81.5,69.4,84.1,82.1 WCBP12236,S2,68.0,68.0,53.2,68.5,82.1 WCBP12234,J1,63.7,67.7,72.2,71.6,75.3 WCBP12234,J2,68.6,68.4,41.4,68.9,75.3 WCBP12234,S1,81.8,82.7,67.0,87.5,75.3 WCBP12234,S2,66.6,67.9,53.0,70.7,75.3 WCBP12238,J1,78.6,79.0,56.2,82.1,84.1 WCBP12239,J2,66.6,72.9,79.5,76.6,82.1 WCBP12239,S1,86.6,87.8,23.0,23.0,82.1 WCBP12239,S2,86.0,86.9,62.3,89.7,82.1 WCBP12239,J1,70.9,71.3,66.0,73.7,82.1 WCBP12238,J2,75.1,75.2,54.3,76.4,84.1 WCBP12238,S1,65.9,66.0,40.2,66.5,84.1 WCBP12238,S2,72.7,73.2,52.6,73.9,84.1 Cada ID corresponde a un conjunto de datos que un operador analiza varias veces. es decir, J1 y J2 son el primer y segundo bash del operador J. Las […]

Coincidencia de expresiones regulares de múltiples líneas en AWK. && operador?

No estoy seguro si el operador de && trabaja en expresiones regulares. Lo que estoy tratando de hacer es hacer coincidir una línea de manera que comience con un número y tenga la letra ‘a’ Y la siguiente línea comience con un número y tenga la letra ‘b’ Y la siguiente línea … letra ‘c’ […]

Expresión regular: reemplaza todos los espacios al principio de la línea con puntos

No me importa si lo logro a través de vim, sed, awk, python, etc. Lo intenté en todo, no pude hacerlo. Para una entrada como esta: top f1 f2 f3 sub1 f1 f2 f3 sub2 f1 f2 f3 sub21 f1 f2 f3 sub3 f1 f2 f3 Quiero: top f1 f2 f3 …sub1 f1 f2 f3 […]

Eliminar las comillas en el campo en el archivo csv

Digamos que tenemos un archivo separado por comas (csv) como este: “name of movie”,”starring”,”director”,”release year” “dark knight rises”,”christian bale, anna hathaway”,”christopher nolan”,”2012″ “the dark knight”,”christian bale, heath ledger”,”christopher nolan”,”2008″ “The “day” when earth stood still”,”Michael Rennie,the ‘strong’ man”,”robert wise”,”1951″ “the ‘gladiator'”,”russel “the awesome” crowe”,”ridley scott”,”2000″ Como puede ver desde arriba, en las líneas 4 y […]