Articles of biopython

Rastreo en el algoritmo Smith-Wateman con penalización por brecha afín

Estoy intentando implementar el algoritmo de Smith-Waterman para la alineación de la secuencia local utilizando la función de penalización de espacio afín. Creo que entiendo cómo iniciar y calcular las matrices requeridas para calcular las puntuaciones de alineación, pero no tengo ni idea de cómo rastrear para encontrar la alineación. Para generar las 3 matrices […]

¿Cómo configuro PYTHONPATH en Cygwin?

En las instrucciones de instalación de Biopython, se dice que si Biopython no funciona, se supone que debo hacer esto: export PYTHONPATH = $ PYTHONPATH ‘: / directory / where / you / put / Biopython’ Intenté hacer eso en Cygwin desde el directorio ~ usando el nombre del directorio Biopython (o todo lo demás […]

¿Cómo paso Biopython SeqIO.convert () sobre varios archivos en un directorio?

Estoy escribiendo un script de Python (versión 2.7) que cambiará cada archivo de entrada (formato .nexus) dentro del directorio especificado al formato .fasta. El módulo Biopython SeqIO.convert maneja la conversión perfectamente para archivos específicos individualmente, pero cuando bash automatizar el proceso sobre un directorio usando os.walk, no puedo pasar la ruta de acceso de cada […]

¿Cómo puedo combinar cadenas superpuestas en python?

Tengo algunas cuerdas, [‘SGALWDV’, ‘GALWDVP’, ‘ALWDVPS’, ‘LWDVPSP’, ‘WDVPSPV’] Estas cuerdas se superponen parcialmente entre sí. Si los superpones manualmente obtendrías: SGALWDVPSPV Quiero una forma de pasar de la lista de cadenas superpuestas a la cadena comprimida final en python. Siento que este debe ser un problema que alguien ya haya resuelto y estoy tratando de […]

Instalación de biopython – python 3.3 no encontrada en el registro

Estoy intentando instalar biopython para ejecutarse con Python 3.3 en una computadora con Windows7. He descargado el biopython ejecutable biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe. Sin embargo, cuando bash ejecutar el archivo ejecutable, aparece el mensaje “Se requiere Python versión 3.3, que no se encuentra en el registro“. La versión 3.3 de Python está presente en mi computadora. He estado […]

Complemento inverso de la cadena de ADN utilizando Python

Tengo una secuencia de ADN y me gustaría obtener un complemento inverso de ella utilizando Python. Está en una de las columnas de un archivo CSV y me gustaría escribir el complemento inverso en otra columna en el mismo archivo. La parte difícil es que hay algunas celdas con algo más que A, T, G […]

Cómo encontrar un marco de lectura abierto en Python

Estoy usando Python y una expresión regular para encontrar un ORF (marco de lectura abierto). Encuentre una ATGC una cadena que se compone SOLO de las letras ATGC (sin espacios ni líneas nuevas) que: Comienza con ATG , termina con TAG o TAA o TGA y debe considerar la secuencia del primer carácter, luego el […]