Articles of graphviz

Phylo BioPython construyendo árboles

Estoy tratando de construir un árbol con BioPython, módulo Phylo. Lo que he hecho hasta ahora es esta imagen: cada nombre tiene un número de cuatro dígitos seguido de – y un número: este número se refiere al número de veces que se representa esa secuencia. Eso significa 1578-22, ese nodo debe representar 22 secuencias. […]

Bordes entre dos subgrafos en pydot

¿Alguien sabe cómo agregar un borde entre dos subgrafos (agrupaciones) en pydot? callgraph = pydot.Dot(graph_type=’digraph’,fontname=”Verdana”) cluster_foo=pydot.Cluster(‘foo’,label=’foo’) cluster_foo.add_node(pydot.Node(‘foo_method_1′,label=’method_1’)) callgraph.add_subgraph(cluster_foo) cluster_bar=pydot.Cluster(‘bar’,label=’Component1′) cluster_bar.add_node(pydot.Node(‘bar_method_a’)) callgraph.add_subgraph(cluster_bar) Lo intenté: callgraph.add_edge(pydot.Edge(“foo”,”bar”)) pero no funciona ¡Simplemente crea dos nodos más con la etiqueta “foo” y “barra” en el gráfico inicial y la posición y el borde entre ellos! ¿Alguien puede ayudar, por favor? […]

Pygraphviz / networkx establece nivel o capa de nodo

Tengo un conjunto de datos que representa un tipo de árbol genealógico. Cada nodo tiene 2 padres (excepto la primera generación, no tienen padres). Para un nodo dado, sus padres pueden ser de cualquier generación anterior. Por ejemplo, un nodo en la generación n, puede tener un padre en n-1 y otro padre en n-5. […]

Longitudes de borde especificadas en networkx / igraph (Python)

Quería visualizar una red con los datos que tengo y me gustaría graficarlos con longitudes de borde específicas. Utilizo Python y he intentado networkx y igraph para trazar, pero todos parecen asignar longitudes de borde fijas. a.) Me pregunto si hice mal los códigos o si los paquetes no son realmente capaces. ¿Cómo implementas adecuadamente […]

Python: Problemas de instalación con pygraphviz y graphviz

Veo muchas preguntas sobre las dificultades de instalar pygraphviz y graphviz en Windows para Python 2.7. Pero ninguna de las respuestas que he encontrado está resolviendo mi problema. Esto es lo que hice: Primero instalé pygraphviz usando binarios no oficiales de Windows con este enlace en mi carpeta de anaconda (python) ( C:\Users\chamar\AppData\Local\Continuum\Anaconda ) Descargó […]

“RuntimeError: asegúrese de que los ejecutables de Graphviz estén en la ruta de su sistema” después de instalar Graphviz 2.38

Descargué Graphviz 2.38 versión MSI e instalé en la carpeta C:\Python34 , luego C:\Python34 pip install Graphviz , todo salió bien. En la ruta del sistema agregué C:\Python34\bin . Cuando intenté ejecutar un script de prueba, en la línea filename=dot.render(filename=’test’) , recibí un mensaje RuntimeError: failed to execute [‘dot’, ‘-Tpdf’, ‘-O’, ‘test’], make sure the […]

representación gráfica en python (visualización de diagtwig de flujo)

para visualizar una secuencia de nodos conectados por bordes codificados en python. en busca de una biblioteca de python para visualizar dichos datos gráficos. ya sea una biblioteca escrita en enlaces python o python, está bien (Soy consciente de Visustin, pero buscando alternativas)

trazando un grafo grande con graphviz

Mis hijas han hecho un juego no muy diferente al tic-tac-toe. Por supuesto, mientras jugaba con ellos, empecé a forzarlos bruscamente en mi cabeza … Así que a la hora del almuerzo hice un pequeño y rápido script de Python para “resolver” el juego. Y quería ver los resultados gráficamente, así que generé un archivo […]

Trazando un árbol de decisión con pydot

He entrenado un tree decisión (diccionario Python) como se muestra a continuación. Ahora estoy tratando de dibujarlo usando pydot . Al definir cada nodo del árbol (gráfico de pydot), le asigno un nombre único (y detallado) y una etiqueta breve. Mi problema es que en la figura resultante que obtengo al escribir en un .png, […]

Graphviz – Dibujando camarillas máximas

Quiero usar graphviz para dibujar para un gráfico dado todas las camarillas máximas que tiene. Por lo tanto, me gustaría que los nodos en la misma camarilla máxima se encapsulen visualmente juntos (lo que significa que me gustaría que un círculo grande los rodea). Sé que la opción de clúster existe, pero en todos los […]