Articles of graphviz

Instalando PyGraphViz en Windows, Python 2.7

No puedo instalar pygraphviz en Windows XP. Estoy usando Python27. Antes de iniciar la configuración, he cambiado estas dos variables del archivo setup.py library_path=”C:\\Archivos de progtwig\\Graphviz 2.28\\bin” include_path=”C:\\Archivos de progtwig\\Graphviz 2.28\\include\\graphviz” Entonces he lanzado la configuración. Estoy usando mingw32 como comstackdor. No sé qué puedo hacer ahora. Estoy usando el siguiente comando: C:\Python27\pygraphviz-1.1>c:\python27\python setup.py build […]

Instalando Graphviz en Os X 10.5.8

Estoy tratando de instalar Graphviz 2.14.1 en osX 10.5.8 Instalé Graphviz desde el Binario Universal aquí: http://www.ryandesign.com/graphviz/ $ svn co https://networkx.lanl.gov/svn/pygraphviz/trunk pygraphviz – Fingerprint: 43:8e:fa:75:00:60:67:07:fd:04:3c:e7:bf:25:86:fd:66:b3:f6:cb (R)eject, accept (t)emporarily or accept (p)ermanently? t A pygraphviz/pygraphviz A pygraphviz/pygraphviz/graphviz.i A pygraphviz/pygraphviz/graphviz.py A pygraphviz/pygraphviz/tests A pygraphviz/pygraphviz/tests/graph.txt A pygraphviz/pygraphviz/tests/attributes.txt A pygraphviz/pygraphviz/tests/__init__.py A pygraphviz/pygraphviz/tests/test.py A pygraphviz/pygraphviz/tests/layout_draw.txt A pygraphviz/pygraphviz/graphviz_wrap.c A pygraphviz/pygraphviz/__init__.py A […]

pydot.InvocationException: no se encontraron los ejecutables de GraphViz

Intento ejecutar este ejemplo para el aprendizaje del árbol de decisiones, pero aparece el siguiente mensaje de error: Archivo “coco.py”, línea 18, en graph.write_pdf (“iris.pdf”) Archivo “/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pydot.py” , línea 1602, en ruta lambda, f = frmt, prog = self.prog: self.write (ruta, formato = f, prog = prog)) Archivo “/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/ python2.7 / site-packages / pydot.py “, […]

Biblioteca para representar gráficos dirigidos (similar a graphviz) en Google App Engine

Estoy buscando una biblioteca de Java o Python que pueda representar gráficos en el lenguaje Dot como archivo de imagen. El problema es que necesito una biblioteca que pueda usar en Google App Engine. Básicamente, estoy buscando una biblioteca que pueda convertir la descripción de texto de un gráfico dirigido en una imagen del gráfico. […]

¿Cómo generar un gráfico / diagtwig como el flujo de visitantes de Google Analytics?

Estoy tratando de generar un diagtwig similar al presentado por el reciente “flujo de visitantes” de Google Analytics. Estos también son conocidos como diagtwigs aluviales . Puedo usar una solución web o no basada en web, siempre y cuando pueda ejecutarlo yo mismo. Los datos que quiero visualizar son los siguientes: en el momento t1, […]

Error “No se encontraron los ejecutables de GraphViz” al llamar a GraphViz desde NetworkX en una notebook iPython

Recibí el error “InvocationException: no se encontraron los ejecutables de GraphViz, no se encontraron los ejecutables de GraphViz de error” al intentar usar el método graphviz_layout en mi código. El código funciona bien cuando graphviz_layout se reemplaza por spring_layout. A partir de la información de excepción de retroceso, parece que se llama pydot_layout. Tengo el […]

Problemas al instalar graphviz para python3 en ubuntu 14.04

Quiero dibujar un árbol de decisión con python3. Sin embargo, solo puedo encontrar módulos para python2: graphviz , ete3 ¿Me ete3 algo? ¿Puedo usarlos con python3? ¿Conoces alguna otra posibilidad? Yo uso Ubuntu 14.04. Editar: sudo python3 -m pip install graphviz el comando sudo python3 -m pip install graphviz , pero aún no puedo encontrar […]

¿Cómo agregar y mostrar pesos en los bordes de un gráfico no dirigido utilizando PyGraphviz?

import pygraphviz as pgv A = pgv.AGraph() A.add_node(‘Alice’) A.add_node(‘Emma’) A.add_node(‘John’) A.add_edge(‘Alice’, ‘Emma’) A.add_edge(‘Alice’, ‘John’) A.add_edge(‘Emma’, ‘John’) print A.string() print “Wrote simple.dot” A.write(‘simple.dot’) # write to simple.dot B = pgv.AGraph(‘simple.dot’) # create a new graph from file B.layout() # layout with default (neato) B.draw(‘simple.png’) # draw png print ‘Wrote simple.png’ Quiero agregar pesos a los bordes […]

Phylo BioPython construyendo árboles

Estoy tratando de construir un árbol con BioPython, módulo Phylo. Lo que he hecho hasta ahora es esta imagen: cada nombre tiene un número de cuatro dígitos seguido de – y un número: este número se refiere al número de veces que se representa esa secuencia. Eso significa 1578-22, ese nodo debe representar 22 secuencias. […]

Bordes entre dos subgrafos en pydot

¿Alguien sabe cómo agregar un borde entre dos subgrafos (agrupaciones) en pydot? callgraph = pydot.Dot(graph_type=’digraph’,fontname=”Verdana”) cluster_foo=pydot.Cluster(‘foo’,label=’foo’) cluster_foo.add_node(pydot.Node(‘foo_method_1′,label=’method_1’)) callgraph.add_subgraph(cluster_foo) cluster_bar=pydot.Cluster(‘bar’,label=’Component1′) cluster_bar.add_node(pydot.Node(‘bar_method_a’)) callgraph.add_subgraph(cluster_bar) Lo intenté: callgraph.add_edge(pydot.Edge(“foo”,”bar”)) pero no funciona ¡Simplemente crea dos nodos más con la etiqueta “foo” y “barra” en el gráfico inicial y la posición y el borde entre ellos! ¿Alguien puede ayudar, por favor? […]