Articles of graphviz

Biblioteca para representar gráficos dirigidos (similar a graphviz) en Google App Engine

Estoy buscando una biblioteca de Java o Python que pueda representar gráficos en el lenguaje Dot como archivo de imagen. El problema es que necesito una biblioteca que pueda usar en Google App Engine. Básicamente, estoy buscando una biblioteca que pueda convertir la descripción de texto de un gráfico dirigido en una imagen del gráfico. […]

¿Cómo generar un gráfico / diagtwig como el flujo de visitantes de Google Analytics?

Estoy tratando de generar un diagtwig similar al presentado por el reciente “flujo de visitantes” de Google Analytics. Estos también son conocidos como diagtwigs aluviales . Puedo usar una solución web o no basada en web, siempre y cuando pueda ejecutarlo yo mismo. Los datos que quiero visualizar son los siguientes: en el momento t1, […]

Error “No se encontraron los ejecutables de GraphViz” al llamar a GraphViz desde NetworkX en una notebook iPython

Recibí el error “InvocationException: no se encontraron los ejecutables de GraphViz, no se encontraron los ejecutables de GraphViz de error” al intentar usar el método graphviz_layout en mi código. El código funciona bien cuando graphviz_layout se reemplaza por spring_layout. A partir de la información de excepción de retroceso, parece que se llama pydot_layout. Tengo el […]

Problemas al instalar graphviz para python3 en ubuntu 14.04

Quiero dibujar un árbol de decisión con python3. Sin embargo, solo puedo encontrar módulos para python2: graphviz , ete3 ¿Me ete3 algo? ¿Puedo usarlos con python3? ¿Conoces alguna otra posibilidad? Yo uso Ubuntu 14.04. Editar: sudo python3 -m pip install graphviz el comando sudo python3 -m pip install graphviz , pero aún no puedo encontrar […]

¿Cómo agregar y mostrar pesos en los bordes de un gráfico no dirigido utilizando PyGraphviz?

import pygraphviz as pgv A = pgv.AGraph() A.add_node(‘Alice’) A.add_node(‘Emma’) A.add_node(‘John’) A.add_edge(‘Alice’, ‘Emma’) A.add_edge(‘Alice’, ‘John’) A.add_edge(‘Emma’, ‘John’) print A.string() print “Wrote simple.dot” A.write(‘simple.dot’) # write to simple.dot B = pgv.AGraph(‘simple.dot’) # create a new graph from file B.layout() # layout with default (neato) B.draw(‘simple.png’) # draw png print ‘Wrote simple.png’ Quiero agregar pesos a los bordes […]

Phylo BioPython construyendo árboles

Estoy tratando de construir un árbol con BioPython, módulo Phylo. Lo que he hecho hasta ahora es esta imagen: cada nombre tiene un número de cuatro dígitos seguido de – y un número: este número se refiere al número de veces que se representa esa secuencia. Eso significa 1578-22, ese nodo debe representar 22 secuencias. […]

Bordes entre dos subgrafos en pydot

¿Alguien sabe cómo agregar un borde entre dos subgrafos (agrupaciones) en pydot? callgraph = pydot.Dot(graph_type=’digraph’,fontname=”Verdana”) cluster_foo=pydot.Cluster(‘foo’,label=’foo’) cluster_foo.add_node(pydot.Node(‘foo_method_1′,label=’method_1’)) callgraph.add_subgraph(cluster_foo) cluster_bar=pydot.Cluster(‘bar’,label=’Component1′) cluster_bar.add_node(pydot.Node(‘bar_method_a’)) callgraph.add_subgraph(cluster_bar) Lo intenté: callgraph.add_edge(pydot.Edge(“foo”,”bar”)) pero no funciona ¡Simplemente crea dos nodos más con la etiqueta “foo” y “barra” en el gráfico inicial y la posición y el borde entre ellos! ¿Alguien puede ayudar, por favor? […]

Pygraphviz / networkx establece nivel o capa de nodo

Tengo un conjunto de datos que representa un tipo de árbol genealógico. Cada nodo tiene 2 padres (excepto la primera generación, no tienen padres). Para un nodo dado, sus padres pueden ser de cualquier generación anterior. Por ejemplo, un nodo en la generación n, puede tener un padre en n-1 y otro padre en n-5. […]

Longitudes de borde especificadas en networkx / igraph (Python)

Quería visualizar una red con los datos que tengo y me gustaría graficarlos con longitudes de borde específicas. Utilizo Python y he intentado networkx y igraph para trazar, pero todos parecen asignar longitudes de borde fijas. a.) Me pregunto si hice mal los códigos o si los paquetes no son realmente capaces. ¿Cómo implementas adecuadamente […]

Python: Problemas de instalación con pygraphviz y graphviz

Veo muchas preguntas sobre las dificultades de instalar pygraphviz y graphviz en Windows para Python 2.7. Pero ninguna de las respuestas que he encontrado está resolviendo mi problema. Esto es lo que hice: Primero instalé pygraphviz usando binarios no oficiales de Windows con este enlace en mi carpeta de anaconda (python) ( C:\Users\chamar\AppData\Local\Continuum\Anaconda ) Descargó […]