Articles of h5py

Combina todos los archivos h5 usando h5py

Soy novato en la encoding. ¿Puede alguien ayudarme con un script en Python usando h5py en donde podemos leer todos los directorios y subdirectorios para fusionar varios archivos h5 en un solo archivo h5?

H5py tienda lista de lista de cadenas

¿Existe la posibilidad en h5py de crear un conjunto de datos que consiste en listas de cadenas? Intenté crear un tipo de datos nested de longitud variable, pero esto produce una falla de segmentación en mi intérprete de python. def create_dataset(h5py_file): data = [[‘I’, ‘am’, ‘a’, ‘sentecne’], [‘another’, ‘sentence’]] string_dt = h5py.special_dtype(vlen=str) nested_dt = h5py.special_dtype(vlen=string_dt) […]

Problemas con Python HDF5 H5Py al abrir varios archivos

Estoy usando la versión de 64 bits de Enthought Python para procesar datos en múltiples archivos HDF5. Estoy usando h5py versión 1.3.1 (HDF5 1.8.4) en Windows de 64 bits. Tengo un objeto que proporciona una interfaz conveniente para mi jerarquía de datos específica, pero al probar el archivo h5py.File (fname, ‘r’) se obtienen los mismos […]

Instalación de h5py en OS X

Me he pasado el día intentando que el módulo h5py de python funcione, pero sin éxito. He instalado bibliotecas compartidas HDF5, seguí las instrucciones que pude encontrar en la web para hacerlo bien. Pero no funciona, a continuación se muestra el mensaje de error que recibo al intentar importar el módulo en Python. Intenté instalar […]

Conjunto de datos HDF5 creado por Python transpuesto en Matlab

Tengo algunos datos que comparto entre Python y Matlab. Solía ​​hacerlo guardando matrices NumPy en archivos .mat de estilo MATLAB, pero me gustaría cambiar a conjuntos de datos HDF5. Sin embargo, he notado una característica divertida: cuando guardo una matriz NumPy en un archivo HDF5 (con h5py ) y luego lo leo en Matlab (con […]

IOError: No se pueden leer los datos (No se puede abrir el directorio) – Falta el filtro de compresión gzip

Nunca he trabajado con archivos HDF5 antes, y para empezar recibí algunos archivos de ejemplo. He estado revisando todos los conceptos básicos con h5py , observando los diferentes grupos en estos archivos, sus nombres, claves, valores, etc. Todo funciona bien, hasta que quiero ver los conjuntos de datos que se guardan en los grupos. Obtengo […]

leer parte del conjunto de datos h5 python

Estoy leyendo en grandes conjuntos de datos de un archivo .h5 (200,000 puntos por conjunto de datos) y actualmente no lo necesito todo, así que lo que he estado haciendo es leer los datos y luego truncarlos. ¿Hay una manera de leer solo los primeros X elementos de un conjunto de datos h5?

Generación de imágenes de pcolormesh a partir de conjuntos de datos muy grandes guardados en archivos H5 con Python

Estoy recostackndo una gran cantidad de datos que se guardarán en archivos H5 individuales utilizando h5py. Me gustaría unir estas imágenes en una sola gráfica de pcolormesh para guardarlas como una sola imagen. Un ejemplo rápido en el que he estado trabajando genera arrays de 2000×2000 puntos de datos aleatorios y los guarda en archivos […]

¿Cómo establecer la configuración de la memoria caché utilizando la interfaz de alto nivel h5py?

Estoy intentando boost el tamaño del caché para mis archivos HDF5, pero no parece estar funcionando. Esto es lo que tengo: import h5py with h5py.File(“test.h5”, ‘w’) as fid: # cache settings of file cacheSettings = list(fid.id.get_access_plist().get_cache()) print cacheSettings # increase cache cacheSettings[2] = int(5 * cacheSettings[2]) print cacheSettings # read cache settings from file fid.id.get_access_plist().set_cache(*cacheSettings) […]

de almacenamiento tif de imagen 4D fuera de núcleo como hdf5 python

Tengo 27 GB de archivos tiff 2D que representan segmentos de una película de imágenes en 3D. Quiero poder dividir estos datos como si fuera una simple matriz numpy4d. Parece que dask.array es una buena herramienta para manipular limpiamente la matriz una vez que se almacena en la memoria como un archivo hdf5. ¿Cómo puedo […]