Articles of igraph

Añadir título y leyenda a las gráficas igraph

En igraph para python, ¿puedes agregar una leyenda y un título a una ttwig? Ninguno de los dos se menciona en el manual o en el tutorial por lo que puedo ver. Es posible en R sin embargo.

Cómo leer en una lista de bordes para hacer una matriz dispersa escéptica

Tengo un archivo grande donde cada línea tiene un par de cadenas de 8 caracteres. Algo como: ab1234gh iu9240gh en cada linea Este archivo realmente representa un gráfico y cada cadena es un ID de nodo. Me gustaría leer en el archivo y hacer directamente una matriz de adyacencia escasa dispersa. Luego ejecutaré PCA en […]

Interfaz entre networkx y igraph

He estado trabajando con networkx durante bastante tiempo y ha estado cumpliendo mis propósitos bastante bien con ajustes mínimos hasta hace poco, cuando comencé a analizar la detección de comunidades. En comparación, el paquete igraph Python parece tener implementaciones mucho más amplias de métodos de detección comunitarios (incluso en comparación con networkx con el paquete […]

Error con la biblioteca igraph – biblioteca en desuso

He cambiado mi computadora a un sistema operativo Linux Mint x64 y tengo problemas con una biblioteca python, igraph library, cuando bash ejecutar y el progtwig antiguo que hice. Advertencia: para evitar la colisión de nombres con el proyecto igraph, esta biblioteca de visualización ha sido renombrada a ‘jgraph’. Por favor actualice cuando sea conveniente. […]

Uso de iGraph en python para la detección de la comunidad y la escritura del número de comunidad para cada nodo en CSV

Tengo una red que me gustaría analizar utilizando el algoritmo de detección de la comunidad edge_betweenness en iGraph. Estoy familiarizado con NetworkX, pero estoy tratando de aprender iGraph debido a sus métodos de detección de comunidad adicionales a través de NetworkX. Mi objective final es ejecutar la detección de la comunidad edge_betweenness y encontrar el […]

Error de análisis Graphml

Intenté crear un archivo Graphml usando Python y igraph library. Puedo construir el objeto gráfico de igraph y lo escribí en un archivo usando: g.write_graphml(“mygraph.graphml”) Todo parece tener éxito, pero cuando intenté volver a leer el archivo en python usando: g = Graph.Read_GraphML(‘mygraph.graphml’) Tengo este error igraph.core.InternalError: Error at .\src\foreign-graphml.c:1024: Input is not proper UTF-8, […]

Cómo obtener un censo de tríadas en una gráfica no dirigida usando networkx en python

Tengo un gráfico networkx no dirigido de la siguiente manera y quiero imprimir el triad census de la triad census del gráfico. Sin embargo, nx.triadic_census(G) no admite gráficos no dirigidos. import networkx as nx G = nx.Graph() G.add_edges_from( [(‘A’, ‘B’), (‘A’, ‘C’), (‘D’, ‘B’), (‘E’, ‘C’), (‘E’, ‘F’), (‘B’, ‘H’), (‘B’, ‘G’), (‘B’, ‘F’), (‘C’, […]

Python igraph: consigue todos los caminos posibles en un gráfico dirigido

Estoy usando igraph (Python) y me gustaría obtener todas las rutas posibles entre dos nodos en un gráfico dirigido. Soy consciente de la función get_all_shortest_paths , que es para las rutas más cortas, pero no puedo encontrar una general. Actualizar: Mi objective principal es conseguir todos los nodos en estas rutas, de modo que luego […]

UnicodeDecodeError al instalar python-igraph

Estoy usando python 2.7 en Linux Mint 16 de 64 bits y estoy tratando de instalar python-igraph. Pero cuando ejecuto sudo pip install python-igraph obtengo el siguiente registro: Downloading/unpacking python-igraph Downloading python-igraph-0.7.1-1.tar.gz (375kB): 375kB downloaded Running setup.py egg_info for package python-igraph Installing collected packages: python-igraph Running setup.py install for python-igraph Build type: dynamic extension Include […]

Cómo trazar un gráfico basado en la comunidad usando igraph para python

Tengo una gráfica de la que extraigo comunidades usando la implementación de algoritmo de Louvain: clusters = g.community_multilevel( weights=None, return_levels=False) Luego aplico diferentes colores para cada comunidad: new_cmap = [‘#’+”.join([random.choice(‘0123456789abcdef’) for x in range(6)]) for z in range(len(clusters))] colors = {v: new_cmap[i] for i, c in enumerate(clusters) for v in c} g.vs[“color”] = [colors[e] for […]