Articles of igraph

Error de análisis Graphml

Intenté crear un archivo Graphml usando Python y igraph library. Puedo construir el objeto gráfico de igraph y lo escribí en un archivo usando: g.write_graphml(“mygraph.graphml”) Todo parece tener éxito, pero cuando intenté volver a leer el archivo en python usando: g = Graph.Read_GraphML(‘mygraph.graphml’) Tengo este error igraph.core.InternalError: Error at .\src\foreign-graphml.c:1024: Input is not proper UTF-8, […]

Cómo obtener un censo de tríadas en una gráfica no dirigida usando networkx en python

Tengo un gráfico networkx no dirigido de la siguiente manera y quiero imprimir el triad census de la triad census del gráfico. Sin embargo, nx.triadic_census(G) no admite gráficos no dirigidos. import networkx as nx G = nx.Graph() G.add_edges_from( [(‘A’, ‘B’), (‘A’, ‘C’), (‘D’, ‘B’), (‘E’, ‘C’), (‘E’, ‘F’), (‘B’, ‘H’), (‘B’, ‘G’), (‘B’, ‘F’), (‘C’, […]

Python igraph: consigue todos los caminos posibles en un gráfico dirigido

Estoy usando igraph (Python) y me gustaría obtener todas las rutas posibles entre dos nodos en un gráfico dirigido. Soy consciente de la función get_all_shortest_paths , que es para las rutas más cortas, pero no puedo encontrar una general. Actualizar: Mi objective principal es conseguir todos los nodos en estas rutas, de modo que luego […]

UnicodeDecodeError al instalar python-igraph

Estoy usando python 2.7 en Linux Mint 16 de 64 bits y estoy tratando de instalar python-igraph. Pero cuando ejecuto sudo pip install python-igraph obtengo el siguiente registro: Downloading/unpacking python-igraph Downloading python-igraph-0.7.1-1.tar.gz (375kB): 375kB downloaded Running setup.py egg_info for package python-igraph Installing collected packages: python-igraph Running setup.py install for python-igraph Build type: dynamic extension Include […]

Cómo trazar un gráfico basado en la comunidad usando igraph para python

Tengo una gráfica de la que extraigo comunidades usando la implementación de algoritmo de Louvain: clusters = g.community_multilevel( weights=None, return_levels=False) Luego aplico diferentes colores para cada comunidad: new_cmap = [‘#’+”.join([random.choice(‘0123456789abcdef’) for x in range(6)]) for z in range(len(clusters))] colors = {v: new_cmap[i] for i, c in enumerate(clusters) for v in c} g.vs[“color”] = [colors[e] for […]

python + igraph “trazado no disponible”

Instalé python-igraph 0.5.4 y igraph 0.5.4 (también probé 0.6) desde la fuente en una máquina RHEL. Todo está bien, excepto cuando bash trazar lo que consigo. “TypeError: trazado no disponible” No hubo errores ni advertencias en las etapas de configuración o instalación. ¿Qué necesito instalar en linux para que el trazado funcione? No tengo root, […]

igraph: ¿por qué la función add_edge es tan lenta en comparación con add_edges?

me sorprende que import igraph import random, time start_time = time.time() G = igraph.Graph(directed = True) G.add_vertices(10000) for i in range(30000): G.add_edge(random.randint(0,9999), random.randint(0,9999)) print “done in ” + str(int(time.time() – start_time)) + ” seconds” devoluciones hechas en 63 segundos mientras import igraph import random, time start_time = time.time() G = igraph.Graph(directed = True) G.add_vertices(10000) edges […]

Detección de la comunidad superpuesta con igraph u otras bibliotecas

Me gustaría detectar comunidades superpuestas en pequeñas redes / gráficos. Al solaparse, me refiero a que un nodo puede incluirse en más de una comunidad / agrupación en la salida del algoritmo de detección. He analizado varios algoritmos de detección de comunidades proporcionados por igraph , pero creo que ninguno de ellos maneja comunidades superpuestas. […]

Longitudes de borde especificadas en networkx / igraph (Python)

Quería visualizar una red con los datos que tengo y me gustaría graficarlos con longitudes de borde específicas. Utilizo Python y he intentado networkx y igraph para trazar, pero todos parecen asignar longitudes de borde fijas. a.) Me pregunto si hice mal los códigos o si los paquetes no son realmente capaces. ¿Cómo implementas adecuadamente […]

Detección de la comunidad en Networkx

Estoy estudiando sobre las comunidades de detección en redes. Estoy usando igraph y Python Para el número óptimo de comunidades en términos de la medida de modularidad: from igraph import * karate = Nexus.get(“karate”) cl = karate.community_fastgreedy() cl.as_clustering().membership Para suministrar el número deseado de comunidades: from igraph import * karate = Nexus.get(“karate”) cl = karate.community_fastgreedy() […]