Articles of igraph

igraph: ¿por qué la función add_edge es tan lenta en comparación con add_edges?

me sorprende que import igraph import random, time start_time = time.time() G = igraph.Graph(directed = True) G.add_vertices(10000) for i in range(30000): G.add_edge(random.randint(0,9999), random.randint(0,9999)) print “done in ” + str(int(time.time() – start_time)) + ” seconds” devoluciones hechas en 63 segundos mientras import igraph import random, time start_time = time.time() G = igraph.Graph(directed = True) G.add_vertices(10000) edges […]

Detección de la comunidad superpuesta con igraph u otras bibliotecas

Me gustaría detectar comunidades superpuestas en pequeñas redes / gráficos. Al solaparse, me refiero a que un nodo puede incluirse en más de una comunidad / agrupación en la salida del algoritmo de detección. He analizado varios algoritmos de detección de comunidades proporcionados por igraph , pero creo que ninguno de ellos maneja comunidades superpuestas. […]

Longitudes de borde especificadas en networkx / igraph (Python)

Quería visualizar una red con los datos que tengo y me gustaría graficarlos con longitudes de borde específicas. Utilizo Python y he intentado networkx y igraph para trazar, pero todos parecen asignar longitudes de borde fijas. a.) Me pregunto si hice mal los códigos o si los paquetes no son realmente capaces. ¿Cómo implementas adecuadamente […]

Detección de la comunidad en Networkx

Estoy estudiando sobre las comunidades de detección en redes. Estoy usando igraph y Python Para el número óptimo de comunidades en términos de la medida de modularidad: from igraph import * karate = Nexus.get(“karate”) cl = karate.community_fastgreedy() cl.as_clustering().membership Para suministrar el número deseado de comunidades: from igraph import * karate = Nexus.get(“karate”) cl = karate.community_fastgreedy() […]

Realiza la unión de gráficos basados ​​en nombres de vértices Python igraph

Este problema se ha presentado en github hace aproximadamente 6 meses, pero como todavía no se ha solucionado, me pregunto si hay una solución rápida que me estoy perdiendo. Quiero fusionar dos gráficos basados ​​en sus nombres: g1 = igraph.Graph() g2 = igraph.Graph() # add vertices g1.add_vertices([“A”,”B”]) g2.add_vertices([“B”,”C”,”D”]) for vertex in g1.vs: print vertex.index 0 […]

Cómo instalar igraph para python en windows

He intentado instalar Igraph para python pero, en vano, seguí el procedimiento descrito en http://igraph.org/python/doc/tutorial/install.html Incluso intenté el procedimiento de Pycairo dado al final del sitio Pero igraph tampoco está funcionando en Enthought Canopy o Anaconda Por favor ayuda

¿Cómo resolver AttributeError al importar igraph?

Cuando importo el paquete igraph en mi proyecto, obtengo un AttributeError. Esto solo ocurre en el directorio del proyecto: [12:34][~]$ python2 Python 2.7.1 (r271:86832, Apr 15 2011, 12:09:10) [GCC 4.5.2 20110127 (prerelease)] on linux2 Type “help”, “copyright”, “credits” or “license” for more information. >>> import igraph >>> [12:34][~]$ cd projectdir/ [12:34][projectdir]$ python2 Python 2.7.1 (r271:86832, […]

Todas las rutas de longitud L desde el nodo n usando python

Dado un gráfico G, un nodo n y una longitud L, me gustaría recostackr todas las rutas (no cíclicas) de longitud L que salen de n. ¿Tienes alguna idea sobre cómo abordar esto? Por ahora, mi gráfico es una instancia de networkx.Graph, pero realmente no me importa si, por ejemplo, se recomienda igraph. ¡Muchas gracias!

Gráfica igraph de matriz de adyacencia numpy o pandas

Tengo una matriz de adyacencia almacenada como pandas.DataFrame : node_names = [‘A’, ‘B’, ‘C’] a = pd.DataFrame([[1,2,3],[3,1,1],[4,0,2]], index=node_names, columns=node_names) a_numpy = a.as_matrix() Me gustaría crear un igraph.Graph desde las pandas o las matrices de adyacencia numpy . En un mundo ideal, los nodos serían nombrados como se esperaba. es posible? El tutorial parece guardar silencio […]

Dibuje un gráfico similar a un árbol con un nodo raíz en la parte superior

Tengo el siguiente gráfico de juguete que representa, por ejemplo, un hilo de foro: import igraph as ig g = ig.Graph(n = 12, directed=True) g.add_edges([(1,0),(2,1), (3,2), (4,3), (5,1), (6,2), (7,6), (8,7), (9,0), (10,0), (11,10)]) g.vs[“label”] = [“A”, “B”, “A”, “B”, “C”, “F”, “C”, “B”, “D”, “C”, “D”, “F”] ig.plot(g, layout=”kk”) Sin embargo, parece que no […]