Articles of Netcdf

copia el archivo netcdf usando python

Me gustaría hacer una copia del archivo netcdf usando Python. Hay ejemplos muy buenos de cómo leer o escribir un archivo netcdf, pero quizás también haya una buena manera de hacer la entrada y luego la salida de las variables a otro archivo. Un buen método simple sería bueno, para obtener las dimensiones y las […]

Python: use la lista de puntos para extraer datos de NetCDF en forma de cuadrícula sin bucles

El siguiente ejemplo utiliza el conjunto de datos netCDF de muestra “Unidata” del viento del este que se puede descargar desde aquí (2.8 MB) Tengo dos listas de enteros que corresponden al índice y de una matriz cuadriculada en un archivo netCDF. Quiero extraer los datos y guardarlos en una matriz o lista unidimensional para […]

Creando un diccionario nested desde un diccionario aplanado

Tengo un diccionario aplanado que quiero convertir en uno nested, de la forma flat = {‘X_a_one’: 10, ‘X_a_two’: 20, ‘X_b_one’: 10, ‘X_b_two’: 20, ‘Y_a_one’: 10, ‘Y_a_two’: 20, ‘Y_b_one’: 10, ‘Y_b_two’: 20} Quiero convertirlo al formulario. nested = {‘X’: {‘a’: {‘one’: 10, ‘two’: 20}, ‘b’: {‘one’: 10, ‘two’: 20}}, ‘Y’: {‘a’: {‘one’: 10, ‘two’: 20}, ‘b’: […]

Cambiar o desactivar _FillValues

Quiero desactivar el relleno o cambiar el _FillValue a None / NaN en el archivo NetCDF. ¿Cómo haces esto? He intentado buscarlo y nadie habla de ello. Cuando imprimo una variable como la longitud, esto es lo que obtengo: float32 lons (lons) unidades: grado_east dimensiones ilimitadas: forma actual = (720,) llenado, valor predeterminado _FillValue de […]

¿Cómo puedo instalar netcdf4-python en ubuntu14.04?

Me gustaría instalar netcdf4-python en mi Ubuntu14.04. Se han instalado libhdf5-dev_1.8.11_5ubuntu7_amd64.deb y libnetcdf-4.1.3-7ubuntu2_amd64.deb. Descargué netcdf4-1.1.8.tar.gz desde https://pypi.python.org/pypi/netCDF4#downloads. Probé configurarlo mediante ./configure –enable-netcdf-4 –with-hdf5=/usr/include/ –enable-share –prefix=/usr pero me llegó el siguiente mensaje: bash: ./configure: No such file or directory No sé cómo puedo instalar netcdf4-python. Me agradecería si alguien me ayudara.

Python NetCdf: hacer una copia de todas las variables y atributos, pero uno

Necesito procesar una sola variable en un archivo netcdf que en realidad contiene muchos atributos y variables. Creo que no es posible actualizar un archivo netcdf (ver pregunta ¿Cómo eliminar una variable en un Scientific.IO.NetCDF.NetCDFFile? ) Mi enfoque es el siguiente: obtener la variable para procesar desde el archivo original procesar la variable Copie todos […]

convertir csv a netcdf

Estoy tratando de convertir un archivo .csv a un netCDF4 a través de Python, pero tengo problemas para averiguar cómo puedo almacenar información de un formato de tabla .csv en un netCDF. Mi principal preocupación es ¿cómo declaramos las variables de las columnas a un formato netCDF4 viable? Todo lo que he encontrado normalmente extrae […]

trazar datos gebco en el mapa base de Python

He descargado algunos datos de batimetría de gebco como un archivo netCDF. Me gustaría trazarlo con python-basemap. Yo he tratado, import netCDF4 from mpl_toolkits.basemap import Basemap # Load data dataset = netCDF4.Dataset(‘/home/david/Desktop/GEBCO/gebco_08_-30_45_5_65.nc’) # Extract variables x = dataset.variables[‘x_range’] y = dataset.variables[‘y_range’] spacing = dataset.variables[‘spacing’] # Data limits nx = (x[-1]-x[0])/spacing[0] # num pts in x-dir […]

No se puede instalar el paquete python de netCDF4 en OS X

Estoy intentando instalar netCDF4 en OS X con pip install netCDF4 y recibo el siguiente error: ———————————————————— /usr/local/bin/pip run on Wed Aug 7 23:02:37 2013 Downloading/unpacking netCDF4 Running setup.py egg_info for package netCDF4 HDF5_DIR environment variable not set, checking some standard locations .. checking /Users/mc … checking /usr/local … checking /sw … checking /opt … […]

trazando una curva suave en los gráficos de matplotlib

Estoy leyendo un archivo netcdf usando python y necesito trazar gráficos usando la biblioteca matplotlib en python. El archivo netcdf contiene 3 variables uv y w componentes. Tengo que dibujar estos 3 componentes en una escala vertical. ya que estos datos se van a utilizar en un radar de pronóstico del tiempo. Necesito trazar estos […]