Articles of networkx

incapaz de cargar un csv simple en networkx en Python

Soy un noobie completo en Python, y me gustaría estudiar un conjunto de datos utilizando el paquete networkx. No entiendo lo que está mal aquí: Tengo un csv que se parece a esto (extracto): [‘152027’, ‘-6167’] [‘152027’, ‘-4982’] [‘152027’, ‘-3810’] [‘152027’, ‘-2288’] [‘152027’, ‘-1253’] [‘152100’, ‘-152100’] [‘152100’, ‘-86127’] Llamemos a este .csv archivos de nodes […]

¿El mayor componente de NetworkX ya no funciona?

Según la documentación de networkx, connected_component_subgraphs (G) devuelve una lista ordenada de todos los componentes. Por lo tanto, el primero debería ser el componente más grande. Sin embargo, cuando trato de obtener el componente más grande de un gráfico G usando el código de ejemplo en la página de documentación G=nx.path_graph(4) G.add_edge(5,6) H=nx.connected_component_subgraphs(G)[0] yo obtengo […]

Uso de la redX de python para calcular el rango de página personalizado

Estoy tratando de construir un gráfico dirigido y calcular el rango de página personalizado sobre este gráfico. Entonces, supongo que tengo una gráfica con vértices {1,2,3,4} y bordes que van de 2, 3 y 4 al vértice 1, me gustaría: (1) calcular el rango de página personalizado de cada vértice con respecto a 1 (2) […]

“Dijkstra bidireccional” por NetworkX

Acabo de leer la implementación de NetworkX del algoritmo de Dijkstra para las rutas más cortas utilizando la búsqueda bidireccional (en este caso ). ¿Cuál es el punto de terminación de este método?

Teoría de grafos en redx

Estoy empezando a usar esta interfaz ahora, tengo algo de experiencia con Python pero nada extenso. Estoy calculando la transitividad y la estructura de la comunidad de un pequeño gráfico: import networkx as nx G = nx.read_edgelist(data, delimiter=’-‘, nodetype=str) nx.transitivity(G) #find modularity part = best_partition(G) modularity(part, G) Sin embargo, obtengo la transitividad muy bien; existe […]

Pygraphviz / networkx establece nivel o capa de nodo

Tengo un conjunto de datos que representa un tipo de árbol genealógico. Cada nodo tiene 2 padres (excepto la primera generación, no tienen padres). Para un nodo dado, sus padres pueden ser de cualquier generación anterior. Por ejemplo, un nodo en la generación n, puede tener un padre en n-1 y otro padre en n-5. […]

leer el archivo networkx json graph

Estoy escribiendo un gráfico de networkx usando esta sencilla función de python: from networkx.readwrite import json_graph def save_json(filename,graph): g = graph g_json = json_graph.node_link_data(g) json.dump(g_json,open(filename,’w’),indent=2) y estaba tratando de cargar la gráfica usando: def read_json_file(filename): graph = json_graph.loads(open(filename)) return graph donde la función de lectura fue tomada desde aquí: http://nullege.com/codes/search/networkx.readwrite.json_graph.load Mi problema es que me […]

Cómo boost el espaciado de los nodos para networkx.spring_layout

Dibujando un gráfico clique con import networkx as nx …. nx.draw(G, layout=nx.spring_layout(G)) produce la siguiente imagen: Obviamente, es necesario boost el espacio entre los nodos (por ejemplo, la longitud del borde). He buscado en Google y he encontrado esta sugerencia aquí: Para algunos de los algoritmos de diseño hay un parámetro de “escala” que podría […]

AttributeError: el objeto ‘módulo’ no tiene atributo ‘graphviz_layout’ con networkx 1.11

Estoy tratando de dibujar algunos DAG usando networkx 1.11 pero me enfrento a algunos errores, aquí está la prueba: import networkx as nx print nx.__version__ G = nx.DiGraph() G.add_node(1,level=1) G.add_node(2,level=2) G.add_node(3,level=2) G.add_node(4,level=3) G.add_edge(1,2) G.add_edge(1,3) G.add_edge(2,4) import pylab as plt nx.draw_graphviz(G, node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues, node_color=range(len(G)), prog=’dot’) plt.show() Y aquí está el rastro: Traceback (most recent call last): […]

Networkx: extrae el componente conectado que contiene un nodo determinado (gráfico dirigido)

Estoy tratando de extraer de un gráfico grande el subgrafo de todos los nodos conectados que contienen un nodo específico. ¿Hay alguna solución en la biblioteca Networkx? [EDITAR] Mi gráfica es un DiGraph [EDITAR] Repensado simplemente: Quiero la parte de mi gráfico que contiene mi nodo específico N_i y todos los nodos que están conectados […]