Cuando ejecuto el script en R, es: $ R –vanilla –args test_matrix.csv out.txt En Python, funciona si uso: process = subprocess.call(“R –vanilla –args “+output_filename+”_DM_Instances_R.csv “+output_filename+”_out.txt”, shell=True) Pero este método no proporciona la función process.wait() . Por lo tanto, me gustaría utilizar el subprocess.Popen . subprocess.Popen , probé: process = subprocess.Popen([‘R’, ‘–vanilla’, ‘–args’, “\'”+output_filename+”_DM_Instances_R.csv\'”, ‘<', '/home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R']) […]
Estoy escribiendo un script de python en un servidor remoto con una versión antigua de python 2.4. En el script, quiero emitir comandos como curl -XPUT ‘http://somerul/_search’ -d file.txt o ls -ltrh y capturar los resultados de estos comandos en una variable. Para el comando curl, la salida será un formato json que analizaré (por […]
Quiero pasar dos variables a os.system (), por ejemplo, listar archivos en un formato diferente en un directorio específico como (ls -l testdirectory) en el que tanto un switch como un directorio de prueba son variables. Sé que para una sola variable esta funciona: option=l os.sytem(‘ls -%s’ option) ¿Pero no sé cómo pasar dos variables?
Tengo un script de python que lanza varios procesos. Cada proceso básicamente solo llama a un script de shell: from multiprocessing import Process import os import logging def thread_method(n = 4): global logger command = “~/Scripts/run.sh ” + str(n) + ” >> /var/log/mylog.log” if (debug): logger.debug(command) os.system(command) Lanzamiento varios de estos hilos, que están destinados […]
Por favor, no lo considere un duplicado antes de leerlo. Hay muchas preguntas sobre el multithreading y la keyboard interrupt , pero no encontré ninguno que considerara el sistema operativo y parece que es importante. Tengo una secuencia de comandos de Python que hace algunas llamadas externas en subprocesos de trabajo. Quiero que se cierre […]
En mi máquina, tengo algún software que toma comandos en el terminal y devuelve una lista de valores. Para ejecutarlo, tengo que escribir algo como: pdv -t filename Estoy tratando de ejecutarlo como parte de un progtwig de python. Cuando corro lo siguiente: os.system(‘pdv -t %s’ % (epoch_name)) luego obtengo los valores que deseo que […]
Estoy escribiendo un script simple que reinicia un esclavo hadoop. En el script, tengo que hacer algunos cambios iniciales como usuario root. Después de eso tengo que cambiar al usuario “hadoop” y ejecutar un conjunto de comandos. Estaba usando os.system para ejecutar comandos, pero dudo que funcione bien. Por ejemplo: uid=pwd.getpwnam(‘hadoop’)[2] os.setuid(uid) os.system(‘whoami’) os.chdir(‘/home/hadoop/hadoop/’) os.system(‘bin/hadoop-daemon.sh […]
Estoy ejecutando esto: os.system(“/etc/init.d/apache2 restart”) Reinicia el servidor web, como debería, y como lo haría si hubiera ejecutado el comando directamente desde el terminal, genera este: * Restarting web server apache2 … waiting [ OK ] Sin embargo, no quiero que se muestre en mi aplicación. ¿Cómo puedo desactivarlo? ¡Gracias!
Cuando os.system(“whoami”) en Python, como root, devuelve root , pero cuando bash asignarlo a una variable x = os.system(“whoami”) , establece el valor de x en 0. Por qué ? (:
Tengo la siguiente función, que ha estado funcionando muy bien durante meses. No he actualizado mi versión de Python (a menos que suceda detrás de la escena?). def Blast(type, protein_sequence, start, end, genomic_sequence): result = [] M = re.search(‘M’, protein_sequence) if M: query = protein_sequence[M.start():] temp = open(“temp.ORF”, “w”) print >>temp, ‘>blasting’ print >>temp, query […]