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Error rpy2 después de actualizar a OSX El Capitán

Tengo un error que ocurre de una manera muy similar a esta pregunta de SO. La solución de simplemente instalar rpy2 usando conda no funciona. La diferencia clave en mi caso es que rpy2 funcionó correctamente antes de actualizar a Mac OSX 10.11 (El Capitán). Mi versión de Python es Python 2.7.10 , conda: 3.18.4 […]

Ejecutando el modelo de efectos mixtos aov () de R desde Python usando rpy2

Primero para ver si rpy2 funcionaba correctamente, ejecuté un modelo simple (stats.lm): import pandas as pd from rpy2 import robjects as ro from rpy2.robjects import pandas2ri pandas2ri.activate() from rpy2.robjects.packages import importr stats = importr(‘stats’) R = ro.r df = pd.DataFrame(data={‘subject’:[‘1′,’2′,’3′,’4′,’5′,’1′,’2′,’3′,’4′,’5′],’group’:[‘1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′],’session’:[‘1′,’1′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’2′,’2′,’2′],’covar’:[‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’, ‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’],’result’:[-6.77,6.11,5.67,-7.679,-0.0930,0.948,2.99,6.93,6.30,9.98]}) rdf=pandas2ri.py2ri(df) result=stats.lm(‘result ~ group * session […]

Crear un modelo para variables ficticias

Comenzando con un conjunto de datos de entrenamiento para una variable var1 como: var1 A B C D Quiero crear un modelo (llamémoslo dummy_model1 ) que luego transformaría el conjunto de datos de entrenamiento en: var1_A var1_B var1_C var1_D 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 […]

Python lista-comprensión en R?

Quiero esto en R: fsC=[read.table(x) for x in Sys.glob(‘./Trial7/*.csv’)] es decir, tratar de leer el contenido de cada archivo en un vector separado donde los vectores pertenecen a una estructura de datos. Pitón [file(x, ‘r’).read() for x in glob.glob(‘./Trial7/*.csv’)] o mejor en realidad [file(x, ‘r’) for x in glob.glob(‘./Trial7/*.csv’)] pero creo que tienes el punto […]

Pasar vectores y parámetros de Python a funciones R

Estoy aprendiendo Python y R y tengo un problema al pasar parámetros desde Python a una función R llamada “Contornos”. Los siguientes trabajos ….. Python (testr.py) import rpy2.robjects as robjects robjects.r(”’ source(‘Wrapper.R’) ”’) r_myfunc = robjects.globalenv[‘Contours’] r_myfunc() R (Wrapper.R) source (‘./DrawCompRecVark.R’) imageDirectory=”./tmp/” Contours <- function() { k=c(0,1) sens=c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995) spec=0.8 prev=0.001 N=1 uniqueId=1 […]

instale rpy2 en Windows7 64bit para Python 2.7

Estoy tratando de construir e instalar rpy2 Python Module. Pero tiene un error (ver más abajo). Tengo R instalado en C:\Program Files\R\R-2.15.0\ y Rh está en C:\Program Files\R\R-2.15.0\include . ¿Cómo puedo indicarle a setup.py que encuentre el encabezado R en ese directorio? Tanto Python como R se instalaron usando un archivo binario oficial para Windows […]

Rpython alternativa para llamar a Python desde R?

Estoy tratando de llamar a python desde R usando rpython . Funciona genial. Ahora estoy tratando de instalar mi código R en un contenedor docker con 4 pitones diferentes. Resulta que el script de configuración le permite especificar la versión de python (RPYTHON_PYTHON_VERSION), pero no la ruta a Python. Entonces, ¿hay un paquete R alternativo […]

¿Cómo permito que un usuario seleccione un archivo?

En este momento, tengo esta línea en mi código para codificar la ruta del directorio dir_path = ‘/home/user/pywork’ pero preferiría que el usuario lo seleccione por sí mismo mediante una construcción similar a la scan(choose.files()) de R scan(choose.files()) . ¿Cómo lo hago? Gracias,

Producto de dos distribuciones beta.

Digamos que tengo dos variables aleatorias: X ~ Beta (α1, β1) Y ~ Beta (α2, β2) Me gustaría calcular la distribución de Z = XY (el producto de las variables aleatorias) Con scipy , puedo obtener el pdf de una sola Beta con: from scipy.stats import beta rv = beta(a, b) x = np.linspace(start=0, stop=1, […]

Python cumsum incrementa cada vez que se encuentra un nuevo valor

Viniendo de R, el código sería x <- data.frame(vals = c(100,100,100,100,100,100,200,200,200,200,200,200,200,300,300,300,300,300)) x$state <- cumsum(c(1, diff(x$vals) != 0)) Lo que marca cada vez que la diferencia entre filas es distinta de cero, por lo que puedo usarla para detectar transiciones en los datos, de este modo: vals state 1 100 1 … 7 200 2 … […]