Articles of rpy2

Cómo obtener datos de R a pandas

En un cuaderno de jupiter, creé un poco de 2-d-list en R como %%R first <- "first" second <- "second" names(first) <- "first_thing" names(second) <- "second_thing" x <- list() index <- length(x)+1 x[[index]] = first x[[index +1]] = second a %Rpull x no devuelve la representación agradable, sino un ListVector . ¿Cómo puedo convertirlo en […]

Pasando una variable de Python a R usando rpy2

Tengo un script R básico que realiza un GLM en un conjunto de datos MySQL. Esto funciona bien usando Rscript en bash. Sin embargo, me gustaría llamarlo dentro de una secuencia de comandos de Python para poder agregarlo a un bucle, puedo crear la instrucción sql pero parece que no puedo pasarla a R usando […]

rpy2 instala problemas en debian

He intentado todos los métodos de instalación que se me ocurren para instalar RPy2 en nuestro servidor Debian y recibo el mismo mensaje independientemente. Lo he instalado y utilizado con éxito en mi mac. ¿Hay algo que pueda faltar? comienzo Processing rpy2 Running setup.py -q bdist_egg –dist-dir /opt/rpy2/egg-dist-tmp-oft2ko returned an empty string. returned an empty […]

Pruebas de estadísticas (Kolmogorov y T-test) con Python y Rpy2

He ejecutado algunos algoritmos y quería hacer un análisis estadístico con los resultados. Tengo dos vectores con los promedios de la tasa de error. Con R, usando la línea de abajo obtendría todo. t.test(methodresults1,methodresults2,var.equal=FALSE,paird=FALSE,alternative=”less”) Ya que estoy usando Python, quería usar el proyecto Rpy2. Intenté eso: import rpy2.robjects as R # methodresults1 and methodresults2 are […]

Error rpy2 después de actualizar a OSX El Capitán

Tengo un error que ocurre de una manera muy similar a esta pregunta de SO. La solución de simplemente instalar rpy2 usando conda no funciona. La diferencia clave en mi caso es que rpy2 funcionó correctamente antes de actualizar a Mac OSX 10.11 (El Capitán). Mi versión de Python es Python 2.7.10 , conda: 3.18.4 […]

Ejecutando el modelo de efectos mixtos aov () de R desde Python usando rpy2

Primero para ver si rpy2 funcionaba correctamente, ejecuté un modelo simple (stats.lm): import pandas as pd from rpy2 import robjects as ro from rpy2.robjects import pandas2ri pandas2ri.activate() from rpy2.robjects.packages import importr stats = importr(‘stats’) R = ro.r df = pd.DataFrame(data={‘subject’:[‘1′,’2′,’3′,’4′,’5′,’1′,’2′,’3′,’4′,’5′],’group’:[‘1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′],’session’:[‘1′,’1′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’2′,’2′,’2′],’covar’:[‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’, ‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’],’result’:[-6.77,6.11,5.67,-7.679,-0.0930,0.948,2.99,6.93,6.30,9.98]}) rdf=pandas2ri.py2ri(df) result=stats.lm(‘result ~ group * session […]

Pasar vectores y parámetros de Python a funciones R

Estoy aprendiendo Python y R y tengo un problema al pasar parámetros desde Python a una función R llamada “Contornos”. Los siguientes trabajos ….. Python (testr.py) import rpy2.robjects as robjects robjects.r(”’ source(‘Wrapper.R’) ”’) r_myfunc = robjects.globalenv[‘Contours’] r_myfunc() R (Wrapper.R) source (‘./DrawCompRecVark.R’) imageDirectory=”./tmp/” Contours <- function() { k=c(0,1) sens=c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995) spec=0.8 prev=0.001 N=1 uniqueId=1 […]

instale rpy2 en Windows7 64bit para Python 2.7

Estoy tratando de construir e instalar rpy2 Python Module. Pero tiene un error (ver más abajo). Tengo R instalado en C:\Program Files\R\R-2.15.0\ y Rh está en C:\Program Files\R\R-2.15.0\include . ¿Cómo puedo indicarle a setup.py que encuentre el encabezado R en ese directorio? Tanto Python como R se instalaron usando un archivo binario oficial para Windows […]

Django: la aplicación se bloquea al usar pandas2ri

Estoy implementando el código rpy2 en Django y cuando convierto el dataframe pandas en el dataframe r, mi aplicación comienza a fallar y da un error: Error: C stack usage 60820464 is too close to the limit de lo contrario la aplicación funciona bien siempre y cuando no convierta. ¿Hay algún problema / error en […]

Se produjo un error al instalar rpy2: se intentó adivinar el INICIO de R pero no el comando R en el PATH

He visto muchas publicaciones aquí y en otros lugares sobre este error, pero ninguna de las soluciones propuestas parece ser relevante. Estoy en Python 2.7.9 , tengo un ejecutable R en mi ruta y estoy intentando instalarlo en un servidor RHEL que no está en Windows. Aquí está el error específico que estoy viendo. ¿Alguien […]