Articles of rpy2

problemas con rpy2, rpart pasando los datos correctamente de python a r

Estoy intentando ejecutar rpart a través de RPY2 utilizando Python 2.6.5 y R 10.0. Creo un dataframe en python y lo paso, pero aparece un error que dice: Error in function (x) : binary operation on non-conformable arrays Traceback (most recent call last): File “partitioningSANDBOX.py”, line 86, in model=r.rpart(**rpart_params) File “build/bdist.macosx-10.3-fat/egg/rpy2/robjects/functions.py”, line 83, in __call__ […]

Python rpy2 y matplotlib entran en conflicto cuando se usa multiprocesamiento

Estoy tratando de calcular y generar plots utilizando multiprocesamiento. En Linux, el siguiente código se ejecuta correctamente, sin embargo, en Mac (ML) no lo hace, con el siguiente error: import multiprocessing import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import rpy2.robjects as robjects def main(): pool = multiprocessing.Pool() num_figs = 2 # generate some random […]

Python Pandas a R dataframe

Voy a convertir el dataframe de los pandas de Python en el dataframe en R. Descubrí algunas bibliotecas para este problema http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/r_interface.html que es rpy2 Pero no pude encontrar los métodos para guardarlo o transferirlo a R. En primer lugar probé “to_csv” df_R = com.convert_to_r_dataframe(df_total) df_R.to_csv(direc+”/qap/detail_summary_R/”+”distance_”+str(gp_num)+”.csv”,sep = “,”) Pero me da un error. “AttributeError: ‘DataFrame’ […]

Visual Studio cl.exe error en la instalación de rpy2

Estoy instalando rpy2 en Django y obtuve los siguientes errores. C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2017\Enterprise\VC\Tools\MSVC\14.15.26726\bin\HostX86\x64\cl.exe /c /nologo /Ox /W3 /GL /DNDEBUG /MD -I.\rpy\rinterface “-IC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2017\Enterprise\VC\Tools\MSVC\14.15.26726\ATLMFC\include” “-IC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2017\Enterprise\VC\Tools\MSVC\14.15.26726\include” /Tc.\rpy\rinterface\r_utils.c /Fobuild\temp.win-amd64-3.6\.\rpy\rinterface\r_utils.obj r_utils.c .\rpy\rinterface\r_utils.c(23): fatal error C1083: Cannot open include file: ‘stdlib.h’: No such file or directory error: command ‘C:\\Program Files (x86)\\Microsoft […]

Cómo obtener datos de R a pandas

En un cuaderno de jupiter, creé un poco de 2-d-list en R como %%R first <- "first" second <- "second" names(first) <- "first_thing" names(second) <- "second_thing" x <- list() index <- length(x)+1 x[[index]] = first x[[index +1]] = second a %Rpull x no devuelve la representación agradable, sino un ListVector . ¿Cómo puedo convertirlo en […]

Pasando una variable de Python a R usando rpy2

Tengo un script R básico que realiza un GLM en un conjunto de datos MySQL. Esto funciona bien usando Rscript en bash. Sin embargo, me gustaría llamarlo dentro de una secuencia de comandos de Python para poder agregarlo a un bucle, puedo crear la instrucción sql pero parece que no puedo pasarla a R usando […]

rpy2 instala problemas en debian

He intentado todos los métodos de instalación que se me ocurren para instalar RPy2 en nuestro servidor Debian y recibo el mismo mensaje independientemente. Lo he instalado y utilizado con éxito en mi mac. ¿Hay algo que pueda faltar? comienzo Processing rpy2 Running setup.py -q bdist_egg –dist-dir /opt/rpy2/egg-dist-tmp-oft2ko returned an empty string. returned an empty […]

Pruebas de estadísticas (Kolmogorov y T-test) con Python y Rpy2

He ejecutado algunos algoritmos y quería hacer un análisis estadístico con los resultados. Tengo dos vectores con los promedios de la tasa de error. Con R, usando la línea de abajo obtendría todo. t.test(methodresults1,methodresults2,var.equal=FALSE,paird=FALSE,alternative=”less”) Ya que estoy usando Python, quería usar el proyecto Rpy2. Intenté eso: import rpy2.robjects as R # methodresults1 and methodresults2 are […]

Error rpy2 después de actualizar a OSX El Capitán

Tengo un error que ocurre de una manera muy similar a esta pregunta de SO. La solución de simplemente instalar rpy2 usando conda no funciona. La diferencia clave en mi caso es que rpy2 funcionó correctamente antes de actualizar a Mac OSX 10.11 (El Capitán). Mi versión de Python es Python 2.7.10 , conda: 3.18.4 […]

Ejecutando el modelo de efectos mixtos aov () de R desde Python usando rpy2

Primero para ver si rpy2 funcionaba correctamente, ejecuté un modelo simple (stats.lm): import pandas as pd from rpy2 import robjects as ro from rpy2.robjects import pandas2ri pandas2ri.activate() from rpy2.robjects.packages import importr stats = importr(‘stats’) R = ro.r df = pd.DataFrame(data={‘subject’:[‘1′,’2′,’3′,’4′,’5′,’1′,’2′,’3′,’4′,’5′],’group’:[‘1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′],’session’:[‘1′,’1′,’1′,’1′,’1′,’2′,’2′,’2′,’2′,’2′],’covar’:[‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’, ‘1’, ‘2’, ‘0’, ‘2’, ‘1’],’result’:[-6.77,6.11,5.67,-7.679,-0.0930,0.948,2.99,6.93,6.30,9.98]}) rdf=pandas2ri.py2ri(df) result=stats.lm(‘result ~ group * session […]