Articles of rpy2

Llamar a funciones personalizadas desde Python usando rpy2

¿Hay alguna forma de llamar a funciones definidas en un archivo como myfunc.r? —————myfunc.r ————– myfunc = function(){ return(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)) } getname = function(){ return(“chart title”) } —- Python How to call getname() here ? ¿Alguna ayuda sería apreciada grandemente?

Cómo implementar p.adjust de R en Python

Tengo una lista de valores p y me gustaría calcular los valores p de ajuste para comparaciones múltiples para el FDR . En R, puedo usar: pval <- read.csv("my_file.txt",header=F,sep="\t") pval <- pval[,1] FDR <- p.adjust(pval, method= "BH") print(length(pval[FDR<0.1])) write.table(cbind(pval, FDR),"pval_FDR.txt",row.names=F,sep="\t",quote=F ) ¿Cómo puedo implementar este código en Python? Aquí fue mi bash fallido en Python […]

Borrar memoria utilizada por rpy2

¿Cómo puedo borrar los objetos (y la memoria que ocupan) creados a través de rpy? import rpy2.robjects as r a = rr(‘a = matrix(NA, 2000000, 50)’) del a #if I do this, there is no change in the amount of memory used rr(‘rm(list=(ls(all=TRUE)))’) # Same here, the objects disappear, but the memory is still used […]

problemas al instalar rpy2 en win7 (R 2.12, Python 2.5)

Soy nuevo en Python (y en la progtwigción en general) Vengo de un área de finanzas, así que tenga paciencia conmigo. Acabo de comenzar a usar Python (Pylab / Scipy / Numpy de Enthought) y R para el análisis estadístico. Estoy intentando instalar rpy2 en Python para integrar R, pero me sale el error: Intenté […]

Error al instalar el módulo rpy2 en Python con easy_install

He estado intentando instalar el módulo rpy2 para poder usar las funciones R dentro de mi script de Python, pero recibo un error luego de seguir los consejos de estas páginas: 1) Intenté adivinar el INICIO de R, pero no el comando R en el PATH. OsX 10.6 2) http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-dev/html/overview.html Lo que he hecho hasta […]

Interfaz Python para el lenguaje de progtwigción R

Soy bastante nuevo en R, y estoy bastante acostumbrado a python. No me siento tan cómodo escribiendo código R Estoy buscando la interfaz de python a R, que me permite usar los paquetes de R de forma pirónica . He investigado en Google y he encontrado pocos paquetes que pueden hacer eso: Rpy2 PypeR PyRserve […]

Llamando al script R desde python usando rpy2

Soy muy nuevo en rpy2, así como en R. Básicamente tengo un script de R, script.R, que contiene funciones, como rfunc (carpeta). Se encuentra en el mismo directorio que mi script de python. Quiero llamarlo desde Python, y luego lanzar una de sus funciones. No necesito ninguna salida de esta función R. Sé que debe […]

Obtención del error de segmentación Error de volcado de núcleo al importar objetos de rpy2

Instalamos R y rpy2 manualmente La instalación es exitosa pero obteniendo el error mencionado anteriormente. ¿Por favor, ayúdame? Salidas de algunos comandos útiles: >>> import rpy2 >>> rpy2.__path__ [‘/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2’] >>> import rpy2.robjects cannot find system Renviron /home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux- x86_64.egg/rpy2/rinterface/__init__.py:185: RRuntimeWarning: Fatal error: unable to open the base package warnings.warn(x, RRuntimeWarning) Segmentation fault (core dumped) Gracias por […]

Trazar puntos de datos de 3 tuplas en un gráfico de superficie / contorno usando matplotlib

Tengo algunos datos de superficie generados por un progtwig externo como valores XYZ. Quiero crear los siguientes gráficos, usando matplotlib: Parcela de superficie Dibujo de contorno Parcela de contorno superpuesta con una plot de superficie He visto varios ejemplos para trazar superficies y contornos en matplotlib; sin embargo, los valores Z parecen ser una función […]

¿Cómo se comparan Rpy2, pyrserve y PypeR?

Me gustaría acceder a R desde un progtwig Python. Soy consciente de Rpy2, pyrserve y PypeR. ¿Cuáles son las ventajas o desventajas de estas tres opciones?