Articles of rpy2

Llamando a las funciones R en rpy2 error – “falta el argumento”

Tengo algunos problemas con el uso del paquete rpy2 en Python. En realidad, estoy tratando de llamar a una función llamada upliftRF (de la biblioteca “uplift” en R) pasando algunos argumentos. Como se indica en la página 27 de https://cran.r-project.org/web/packages/uplift/uplift.pdf , uno de los argumentos de la función puede ser x o una fórmula que […]

Pasar la lista de python a R a través de rpy2

Estoy intentando hacer una llamada simple a un paquete R ( ks ) desde python hasta rpy2 . Esto es lo que me gustaría lograr: import rpy2.robjects as robjects # Define two matrices. matrix1 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]] matrix2 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]] # Call ‘ks’ function to obtain p_value. p_val = robjects.r(”’ library(ks) kde.test(x1=matrix1, x2=matrix2)$pvalue”’) print […]

¿Puedo conectar un proceso externo (R) a cada trabajador de pyspark durante la configuración?

Quiero que cada trabajador de Python inicie un shell R utilizando rpy2. ¿Puedo hacer esto durante algún tipo de fase de configuración similar a la forma en que asumo que esto sucederá cuando importe un módulo Python para usarlo en tareas ejecutoras posteriores? Por ejemplo: import numpy as np df.mapPartitions(lambda x: np.zeros(x)) En mi caso, […]

rpy2 windows No se puede desvincular tempfile

Estoy usando Python 3.3, R-3.0.1, Win7-64. Obtengo un “No se puede diferenciar el archivo temporal” en rpy2.robject (ln 48). Mirándolo, algún otro proceso (presumiblemente R) mantiene el archivo cuando Python está intentando liberarlo. No es un problema importante, pero no está claro cómo podría solucionarlo. ¿Alguien más ha visto esto? Ideas? –Don

Modificar r objeto con rpy2

Estoy tratando de usar rpy2 para usar el DESeq2 R / Bioconductor en python. do_slots mi problema mientras escribía mi pregunta (usar do_slots permite acceder a los atributos de los objetos r), pero creo que el ejemplo podría ser útil para otros, así que aquí está cómo lo hago en R y cómo se traduce […]

rpy2: compruebe si el paquete está instalado

Usando rpy2 , quiero verificar si un paquete dado está instalado. Si lo es, lo importo. Si no, lo instalo primero. ¿Cómo compruebo si está instalado? from rpy2 import * if not *my package is installed*: rpy2.interactive as r r.importr(“utils”) package_name = “my_package” r.packages.utils.install_packages(package_name) myPackage = importr(“my_package”)

problemas de aprovisionamiento en un archivo .R en python usando rpy2

En rpy 1.x, al origen en un archivo .R, todo lo que uno tenía que hacer era esto: import rpy rpy.r.source(“filename.R”) En rpy2, ¿qué debe suceder para generar un archivo .R desde Python? He intentado varias vías, como esta: import rpy2.robjects as ro ro.source(“filename.R”) Devuelve un error como este (lo siento si esto no se […]

Migración de una regresión logística de R a rpy2

Estoy tratando de usar ryp2 para hacer una regresión logística. Logré ejecutarlo, pero no sé cómo extraer los coeficientes y los valores p del resultado. No quiero imprimir los valores en la pantalla pero creo una función para usarlos de forma independiente. import rpy2.robjects as ro mydata = ro.r[‘data.frame’] read = ro.r[‘read.csv’] head = ro.r[‘head’] […]

¿traduciendo los vectores de lista nombrados de R a rpy2 en Python?

¿Cuál es el equivalente del siguiente código R en Rpy2 en python? Var1 = c(“navy”, “darkgreen”) names(Var1) = c(“Class1”, “Class2”) ann_colors = list(Var1 = Var1) No está claro qué es ann_colors . Cuando se evalúa en R da: > ann_colors $Var1 Class1 Class2 “navy” “darkgreen” ¿Es un robject.ListVector ? Lo intenté: robjects.ListVector({“Class1”: “navy”, “Class2”: “green”}) […]

problemas con rpy2, rpart pasando los datos correctamente de python a r

Estoy intentando ejecutar rpart a través de RPY2 utilizando Python 2.6.5 y R 10.0. Creo un dataframe en python y lo paso, pero aparece un error que dice: Error in function (x) : binary operation on non-conformable arrays Traceback (most recent call last): File “partitioningSANDBOX.py”, line 86, in model=r.rpart(**rpart_params) File “build/bdist.macosx-10.3-fat/egg/rpy2/robjects/functions.py”, line 83, in __call__ […]