Articles of scipy

scipy.optimize.curvefit (): la matriz no debe contener infs ni NaNs

Estoy tratando de ajustar algunos datos a una curva en Python usando scipy.optimize.curve_fit . Me encuentro con el error ValueError: array must not contain infs or NaNs . No creo que mis datos x o y contengan infs o NaNs: >>> x_array = np.asarray_chkfinite(x_array) >>> y_array = np.asarray_chkfinite(y_array) >>> Para dar una idea de cómo […]

¿Cómo pasar correctamente una matriz CSR scipy.sparse a una función cython?

Necesito pasar una matriz CSR scipy.sparse a una función cython. ¿Cómo especifico el tipo, como uno lo haría para una matriz numpy?

¿Se garantiza el orden de un diccionario de Python sobre iteraciones?

Actualmente estoy implementando una compleja red microbiana de alimentos en Python usando SciPy.integrate.ode . Necesito la capacidad de agregar fácilmente especies y reacciones al sistema, así que tengo que codificar algo bastante general. Mi esquema se ve algo como esto: class Reaction(object): def __init__(self): #stuff common to all reactions def __getReactionRate(self, **kwargs): raise NotImplementedError … […]

ajustar dos gaussianos a un histogtwig de un conjunto de datos, python

Tengo un conjunto de datos en python. Estoy trazando esto como un histogtwig, esta gráfica muestra una distribución bimodal, por lo tanto, estoy tratando de trazar dos perfiles gaussianos sobre cada pico en la bimodalidad. Si utilizo el siguiente código es necesario que tenga dos conjuntos de datos con el mismo tamaño. Sin embargo, solo […]

¿Cómo ubicar una “región” particular de valores en una matriz numpy 2D?

Estoy trabajando con una matriz de numpy 2D hecha de 101×101=10201 valores. Dichos valores son de tipo float y van desde 0.0 a 1.0 . La matriz tiene un sistema de coordenadas X,Y que se origina en la esquina superior izquierda: así, la posición (0,0) encuentra en la esquina superior izquierda, mientras que la posición […]

Calcular la función de distribución acumulativa (CDF) en Python

¿Cómo puedo calcular en Python la función de distribución acumulativa (CDF) ? Quiero calcularlo a partir de una serie de puntos que tengo (distribución discreta), no con las distribuciones continuas que, por ejemplo, tiene scipy.

Problema de tipo de datos utilizando scipy.spatial

Quiero usar KDTree de scipy.spatial para encontrar los pares vecinos más cercanos en una matriz bidimensional (esencialmente una lista de listas donde la dimensión de la lista anidada es 2). Genero mi lista de listas, la canalizo a la matriz de numpy y luego creo la instancia de KDTree. Sin embargo, cada vez que trato […]

Extraer objetos conectados de una imagen en Python

Tengo una imagen de png de graysacle y quiero extraer todos los componentes conectados de mi imagen. Algunos de los componentes tienen la misma intensidad, pero quiero asignar una etiqueta única a cada objeto. aqui esta mi imagen He intentado este código: img = imread(images + ‘soccer_cif’ + str(i).zfill(6) + ‘_GT_index.png’) labeled, nr_objects = label(img) […]

Uso del módulo stats.kstest de Scipy’s para las pruebas de bondad de ajuste

He leído las publicaciones existentes sobre este módulo (y los documentos de Scipy), pero aún no me queda claro cómo usar el módulo kstest de Scipy’s para realizar una prueba de bondad de ajuste cuando tiene un conjunto de datos y una función de llamada. El PDF contra el que quiero probar mis datos no […]

Guía de importación de SciPy / NumPy

Aviso: he comprobado si hay duplicado y nada responde claramente a mi pregunta. ¡Confío en que me harás saber si me perdí algo! En un esfuerzo por limpiar mi código, he estado buscando una convención estándar para importar SciPy y NumPy en mis progtwigs. Sé que no hay una guía estricta y puedo hacerlo de […]