Desarrollo de Python

Articles of Snakemake

Snakemake: regla para usar muchas entradas para una salida con múltiples subgrupos

Tengo un canal de trabajo que estoy usando para descargar, alinear y realizar llamadas de variantes en datos de secuencia pública. El problema es que actualmente solo puede funcionar por muestra ( es decir, muestra como cada experimento de secuenciación individual). No funciona si quiero realizar una variante invocando un grupo de experimentos (como las […]

SnakeMake gobierna con script Python, conda y cluster

Me gustaría que Snakemake ejecute un script de Python con un entorno conda específico a través de un cluster SGE. En el clúster tengo miniconda instalada en mi directorio de inicio. Mi directorio de inicio se monta a través de NFS, de modo que es accesible para todos los nodos del clúster. Debido a que […]

¿Cómo usar expandir en snakemake cuando no se desean algunas combinaciones particulares de comodines?

Supongamos que tengo los siguientes archivos, en los que quiero aplicar un poco de procesamiento automáticamente usando snakemake: test_input_C_1.txt test_input_B_2.txt test_input_A_2.txt test_input_A_1.txt El siguiente snakefile utiliza expand para determinar todo el archivo de resultados finales potenciales: rule all: input: expand(“test_output_{text}_{num}.txt”, text=[“A”, “B”, “C”], num=[1, 2]) rule make_output: input: “test_input_{text}_{num}.txt” output: “test_output_{text}_{num}.txt” shell: “”” md5sum {input} […]
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