Tengo un canal de trabajo que estoy usando para descargar, alinear y realizar llamadas de variantes en datos de secuencia pública. El problema es que actualmente solo puede funcionar por muestra ( es decir, muestra como cada experimento de secuenciación individual). No funciona si quiero realizar una variante invocando un grupo de experimentos (como las […]
Me gustaría que Snakemake ejecute un script de Python con un entorno conda específico a través de un cluster SGE. En el clúster tengo miniconda instalada en mi directorio de inicio. Mi directorio de inicio se monta a través de NFS, de modo que es accesible para todos los nodos del clúster. Debido a que […]
Supongamos que tengo los siguientes archivos, en los que quiero aplicar un poco de procesamiento automáticamente usando snakemake: test_input_C_1.txt test_input_B_2.txt test_input_A_2.txt test_input_A_1.txt El siguiente snakefile utiliza expand para determinar todo el archivo de resultados finales potenciales: rule all: input: expand(“test_output_{text}_{num}.txt”, text=[“A”, “B”, “C”], num=[1, 2]) rule make_output: input: “test_input_{text}_{num}.txt” output: “test_output_{text}_{num}.txt” shell: “”” md5sum {input} […]